由于动物体内缺乏使其降解的酶，琼脂糖植入物的体内降解主要依靠巨噬细胞的吞噬作用。将1.5%的琼脂糖凝胶并埋植于大鼠腰椎两侧皮下，植入前期琼脂糖会形成紧致的球状，并被胶原纤维组成的纤维囊紧密包裹，纤维囊的厚度不断增加直至12周后明显下降，纤维囊中富含巨噬细胞，随着植入时间的延长，巨噬细胞从植入物表面深入到内部，在植入后期某些植入部位的凝胶已经被降解，周围组织没有产生明显的炎症反应，植入物周围开始有血管生成。
由于琼脂糖凝胶安全、可塑，在体内降解相对缓慢，作为美容填充材料也具有显著优势。琼脂糖凝胶在体内维持时间大概为5个月，其致密的网络结构和降解机制决定了它具有较长的降解周期，适合用于骨、软骨、唇部、太阳穴等修复过程较为缓慢的组织工程支架。
